竹林禪院的開山祖師融秋和尚，在上世紀20年代初由北方回到廣州，得到時任國民政府要員及中山大學校長鄒海濱(鄒魯)先生的幫助，於廣州華林寺創辦「華南佛學院」與「佛教救世會」，推動救世事業，講播佛法原理，皈依者八千餘人。
20年代中，因國民政府要取用寺產及加上香港弟子信徒邀法師來港，故融秋和尚在1927年到達香港，跟隨法師來港的還有一批比丘尼及信眾，在她們的協助及資助下，融秋和尚在芙蓉山購入第一塊土地(現浮屠寶殿位置)，興建竹林禪院。
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| 曼華堂-竹林禪院-發起人 |
融秋和尚與部分跟隨他來港及有份出資建廟比丘尼及信眾，包括茂清、茂常、茂顯、茂霞 、茂寬、茂法、茂雲、茂願等，於1928年組成「曼華堂」，融秋和尚為首任司理人。跟隨融秋和尚來港的還有一批弟子。首6位核心法師包括比丘尼釋茂淸、釋茂常、釋茂顯、釋茂霞 、釋茂寬、及伍茂法(優婆夷)及潘錦蘭女士（釋光圓法師）。1928年，融秋和尚與該些弟子與及其他本港信眾共同出資購地，興建一所佛教寺院以弘揚佛法，故組成「曼華堂」，並向當時的理民府登記。
首個以「曼華堂」名義為業權人的土地於1930年初購得，按照《新界條例》，融秋和尚為「曼華堂」首任司理人，開始興建竹林禪院，在此期間，分別有釋茂雲、釋茂願、釋茂漢和釋茂醒四人加入，在興建竹林禪院期間，「曼華堂」有11名成員。
竹林禪院在1932年10月建成首座浮屠寶殿並於同月23日開光，緊接著得到包括寬慧(茂雲)法師在內的人士協助，建成舊東及西兩幢宿舍，1933年邀請勝林老和尚主持首次開戒，之後於1937及1949年再分別舉行兩次。
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| 竹林禪院浮屠寶殿 (HKU Digital Library) |
為規劃長遠管治方式，曼華堂訂定規章，包括訂立「弘揚佛法、濟老助貧」的宗旨，11名成員為「發起人」，發起人必須以出家人為主及所有管理職務由出家人負責與及「一房一人」的承繼方式等等。
隨著竹林禪院的啟用，以融秋和尚為主導的意見認為，寺內事務尤其是處理財政及籌款方面，一眾比丘尼遠較自己優勝，同時他只希望專注弘法，故融秋和尚決定退出「曼華堂」發起人之列，由發起人負責管理寺內事務 。
經多次修訂及融秋和尚在1935年辭任司理人後，8名發起人，分別是釋茂淸、釋茂常、釋茂顯、釋茂霞 、釋茂寬、釋茂雲、釋茂願及伍茂法一致通過「曼華堂」規章的最終訂稿，而釋茂漢和釋茂醒因沒有繼承人並且沒有出錢買地，故訂立規章的8人，成為了「曼華堂」的發起人。
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| 竹林禪院浮屠寶殿 (personal collection) |
原始的「曼華堂」規章因二戰原故已經違失，政府亦確認尋遍不獲，現存於政府當局及法庭的《曼華堂簡章》，是由有份興建竹林禪院的釋光圓法師及發起人之一的釋茂雲徒弟釋意明法師於1985年重新訂立。
1938年，竹林禪院成為「中國戰時兒童保育會 - 廣東第一分會」，救援受戰火影響的內地兒童。1953年，竹林禪院倡建義學及孤兒院。1964年，融秋和尚將兩幅土地捐贈予竹林禪院。1971年，竹林禪院以五幅地段向政府申請換地，形成至今超過四十萬平方呎的土地。
1979年，建成新東及西兩幢宿舍，1982年大雄寶殿開光。1991年及2006年分別開光的計有「融秋老和尚紀念堂」和「五百羅漢殿」。
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| 竹林禪院職事牌 |
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| 竹林禪院舊山門 (Special Collections, HKU library) |
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| 1933同戒錄 （library, Chi Lin Nunnery) |
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| 1937同戒錄 （library, Chi Lin Nunnery) |
2016年開始，竹林禪院在四名俗家人的掌控下，出現嚴重違反慈善信託的管理問題，高等法院於2023年5月30日頒下命令，指令律政司司長以「慈善事業守護者」(parens patriae)身份，介入竹林禪院，香港佛教聯合會於2023年11月15日被任命為竹林禪院(曼華堂)的臨時管理人及司理人。